การจำแนกประเภทภาษีอากรโดยทั่วไปสามารถจำแนกได้ 4 ประเภท
1) ประเภทหน่วยงานผู้จัดเก็บ
การจำแนกประเภทตามหน่วยงานผู้จัดเก็บ เป็นการการพิจารณาความเหมาะสมในการเก็บภาษีอากรแต่ละประเภท ว่ารัฐบาลกลางหรือองค์การปกครองส่วนท้องถิ่นจะเป็นผู้จัดเก็บ
1 ภาษีอากรที่รัฐบาลกลางเป็นผู้จัดเก็บ
กระทรวงการคลัง ทำหน้าที่เกี่ยวกับการเงินของแผ่นดิน ดูแลทรัพย์สินของแผ่นดินและการจัดหารายได้โดยภาษีอากร (พรบ.ปรับปรุงกระทรวง, 2545) โดยมีส่วนราชการที่ดูแลการจัดหารายได้คือ กรมสรรพากร กรมศุลกากร และกรมสรรสามิต (กระทรวงการคลัง, 2566)
2. ภาษีอากรที่องค์การปกครองส่วนท้องถิ่นจัดเก็บ
องค์การปกครองส่วนท้องถิ่นประกอบไปด้วย องค์การบริหารส่วนจังหวัด องค์การบริหารส่วนตำบล เทศบาล และรูปแบบพิเศษคือกรุงเทพมหานคร และเมืองพัทยา โดยการเก็บภาษีขององค์การปกครองส่วนท้องถิ่นมีกฎหมายที่เกี่ยวข้องดังนี้ ภาษีโรงเรือนและที่ดิน ภาษีป้าย ภาษีบำรุงองค์การบริหารส่วนจังหวัด จัดเก็บภาษีจากสถานค้าปลีกน้ำมันและยาสูบในเขตจังหวัด และภาษีบำรุงกรุงเทพมหานคร
2) ประเภทการผลักภาระภาษี
การจำแนกประเภทภาษีอากรตามหลักการผลักภาระภาษี อาจแบ่งออกเป็นประเภทใหญ่ ๆ 2 ประเภท คือ
1. ภาษีทางตรง หมายถึง ภาษีที่ผู้เสียภาษีต้องรับภาระภาษีไว้และไม่สามารถผลักภาระภาษีไปให้ผู้อื่นได้ หรือผลักภาระภาษีไปให้ผู้อื่นได้ยาก ภาษีทางตรงโดยทั่วไปจะเก็บภาษีจากฐานรายได้หรือฐานทรัพย์สินของผู้เสียภาษี อาทิ ภาษีเงินได้บุคคลธรรมดา ภาษีเงินได้นิติบุคคล ภาษีเงินได้ปิโตรเลียม2. ภาษีทางอ้อม หมายถึง ภาษีที่ผู้เสียภาษีไม่ต้องรับภาระภาษีนั้นไว้เอง และสามารถผลักภาระภาษีไปให้ผู้อื่นซึ่งขึ้นอยู่กับว่าผู้เสียภาษีจะผลักภาระภาษีไปให้ผู้อื่นมากน้อยเพียงใด
3) ประเภทวิธีการประเมินภาษี
การจำแนกประเภทภาษีอากรตามวิธีการประเมินภาษีนั้นอาจกระทำได้ 2 วิธีคือ
1 ภาษีตามราคาหรือมูลค่า (Advalorem Tax) คือ ภาษีที่จัดเก็บตามราคาหรือมูลค่าของฐานภาษี โดยทั่วไปจะกำหนดอัตราภาษีเป็นร้อยละของมูลค่าฐานภาษี ตัวอย่างเช่น ภาษีเงินได้นิติบุคคลของไทยสำหรับบริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลโดยทั่วไป อัตราร้อยละ 20 ของกำไรสุทธิ เป็นต้น
2 ภาษีตามปริมาณหรือตามสภาพ (Specific Tax) คือ ภาษีที่จัดเก็บตามปริมาณของสิ่งที่ใช้เป็นฐานภาษี อัตราภาษีที่เรียกเก็บจึงเป็นอัตราต่อปริมาณของฐานภาษี โดยที่ปริมาณของสิ่งที่ใช้เป็นฐานภาษีนั้นจะวัดออกมาเป็นจำนวนชิ้น ความยาว ปริมาตร น้ำหนัก เป็นต้น ตัวอย่างเช่น อัตราภาษีรถตาม พระราชบัญญัติรถยนต์ พ.ศ. 2522 ที่จัดเก็บตามความจุกระบอกสูบ (ซีซี) ของรถยนต์ที่นั่งส่วนบุคคลไม่เกิน 7 คน ประกอบด้วย 600 ซีซีแรก ซีซีละ 0.5 บาท 601-1,800 ซีซี ๆ ละ 1.50 บาท เกิน 1,800 ซีซี ๆ ละ 4.00 บาท (กรมการขนส่งทางบก, 2559) เป็นต้น
4) ประเภทหลักเกณฑ์อื่น ๆ
นอกจากจะมีการจำแนกประเภทภาษีอากรตามวิธีการหรือหลักเกณฑ์ 3 อย่างที่กล่าวมาข้างต้นแล้ว ยังมีหลักเกณฑ์อื่นอีกหลายประการที่อาจนำมาจำแนกประเภทภาษีอากรได้ การจำแนกประเภทตามหลักเกณฑ์อื่น ที่จะนำมากล่าวถึง ในที่นี้ คือ
1 ลักษณะการใช้เงินภาษี แบ่งออกเป็น 2 ประเภท
1.1 ภาษีเพื่อกิจการทั่วไป (General Tax) หมายถึง ภาษีที่จัดเก็บเพื่อนำรายได้เข้างบประมาณแผ่นดินสำหรับใช้จ่ายในกิจการทั่วไปของรัฐ ไม่มีการกำหนดว่าจะต้องนำไปใช้จ่ายเพื่อกิจการใดกิจการหนึ่งโดยเฉพาะ ภาษีอากรส่วนใหญ่ของแต่ละประเทศจะเป็นภาษีอากรเพื่อกิจการทั่วไป ในกรณีของประเทศไทย อาทิเช่น ภาษีของกรมสรรพากร กรมศุลกากร กรมสรรพสามิต เป็นต้น 1.2 ภาษีเพื่อกิจการเฉพาะอย่าง (Earmarked Tax) หมายถึง ภาษีที่จัดเก็บเพื่อนำรายได้ไปใช้ในกิจการใดกิจการหนึ่งโดยเฉพาะและจะนำไปใช้เพื่อกิจการอื่นไม่ได้ ตัวอย่างเช่น ประเทศไทยมีกองทุนน้ำมันเชื้อเพลิงซึ่งอยู่ภายใต้สังกัดของสำนักงานนโยบายและแผนพลังงาน กระทรวงพลังงาน
2 ความถาวรของกฎหมายภาษีอากร แบ่งได้เป็น 2 ประเภทคือ
2.1 ภาษีถาวรหรือภาษีปกติ (Permanent Tax) หมายถึง ภาษีที่จัดเก็บอยู่เป็นปกติประจำ หรือมีลักษณะถาวรจนกว่าจะมีกฎหมายยกเลิก เช่น ภาษีเงินได้บุคคลธรรมดา ภาษีเงินได้นิติบุคคล ภาษีมูลค่าเพิ่ม ภาษีธุรกิจเฉพาะ ภาษีสรรพสามิต ภาษีศุลกากร เป็นต้น
2.2 ภาษีชั่วคราว (Temporary Tax) หมายถึง ภาษีที่จัดเก็บเป็นการชั่วคราวในเวลาที่มีเหตุฉุกเฉิน หรือเพื่อกิจการใดกิจการหนึ่ง ในแต่ละช่วงเวลา เมื่อสิ้นเหตุฉุกเฉิน หรือเมื่อบรรลุวัตถุประสงค์ในช่วงเวลานั้น ๆ แล้ว การเก็บภาษีนี้ก็จะสิ้นสุดลง ตัวอย่างเช่น เงินช่วยชาติในระหว่างสงคราม เป็นต้น