เพื่อให้เกิดการประสานงานในองค์การ อันส่งผลให้การปฏิบัติงานที่ราบรื่นและมีประสิทธิภาพ ควรคำนึงถึงหลักการประสานงานที่สำคัญสรุปได้ดังนี้
1.ด้านโครงสร้างองค์การ การประสานงานที่ดีจะเกิดขึ้นได้เมื่อองค์การมีโครงสร้างองค์การที่มีแบบแผน ชัดเจน ดังนั้น องค์การควรจัดทำแผนผังโครงสร้างองค์การ (Organizaiton Chart) เพื่อให้บุคลากรทุกคนในองค์การทราบสายการบังคับบัญชาและหน้าที่ของแต่ละฝ่ายอย่างชัดเจน อันจะเอื้อต่อการประสานการทำงานของฝ่ายต่างๆในองค์การ
2. ด้านระบบงาน ระบบการทำงานที่มีขั้นตอนและผู้รับผิดชอบชัดเจน ทำให้บุคลากรทราบหน้าที่รับผิดชอบของแต่ละฝ่าย และวิธีการดำเนินการเพื่อบรรลุเป้าหมาย สอดคล้องกับแนวคิดของฟาโยล (Fayol อ้างถึงใน สมยส นาวีการ, 2544 : 203) ซึ่งได้กล่าวถึงหลักการประสานงานไว้ว่า แต่ละแผนกต้องทำงานประสานงานกับแผนกอื่นๆ แผนกพัสดุจะต้องรู้ว่าต้องจัดหาอะไรบ้าง แผนกผลิตจะรู้ว่าถูกคาดหวังให้ทำอะไรบ้าง งานทุกอย่างจะถูกดำเนินการอย่างมีระเบียบและแน่นอน และมินซ์เบอร์ก (Mintzberg, 1983 : 4-7 อ้างถึงใน เทพศักดิ์ บุณยรัตนพันธุ์, 2551 : 5-13) ที่กล่าวถึง กลไกการประสานงานกันภายในองค์การที่สำคัญประการหนึ่ง คือ กระบวนการของงานที่เป็นมาตรฐาน (Standardization of Work Processes) ซึ่งเป็นกลไกในการประสานงานที่กระทำผ่านกระบวนการของงานที่มีลักษณะที่ระบุเป็นแบบแผนชัดเจน ดังนั้ง องค์การควรจัดทำแผนซึ่งระบุเป้าหมายและวิธีการดำเนินงานที่ชัดเจน อันจะช่วยให้บุคลากรทราบว่าใคร ทำอะไร ที่ไหน อย่างไร เมื่อใด และลดปัญหาการทำงานซ้ำซ้อน ก้าวก้ายหน้าที่ หรือต่างฝ่ายต่างหลีกเลี่ยงงานได้อีกด้วย
3. ด้านการสื่อสาร เพื่อให้เกิดการประสานงานที่ดี องค์การควรจัดระบบการสื่อสารภายในและภายนอกองค์การ เช่น การติดตั้งโทรศัพท์ภายในองค์การ การจัดทำสมุดโทรศัพท์ ที่อยู่ หรือ E-Mail Address ของบุคลากรและหน่วยงานอื่นๆ เพื่อจะได้ทราบว่าจะติดต่อกับบุคลากรฝ่ายต่างๆในองค์การและหน่วยงานต่างๆที่องค์การต้องประสานงานด้วยได้อย่างไร เป็นต้น รวมทั้งควรสร้างช่องทางการสื่อสารที่หลากหลายทั้งที่เป็นทางการและไม่เป็นทางการ เช่น การจัดประชุม สัมมนา การแจ้งเวียน การประกาศ รายงานประจำปี การกำหนดแผนที่ (Road Map) ร่วมกันในการทำงาน ตลอดจนการพบปะพูดคุยกัน เป็นต้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งการติดต่อสื่อสารที่ไม่เป็นทางการสามารถช่วยลดปัญหาความล่าช้าของการประสานงานอันเกิดจากการสื่อสารที่เป็นทางการได้อีกด้วย นอกจากนี้ องค์การควรเปิดโอกาสให้เกิดการสื่อสารในทุกระดับ ทุกทิศทาง กล่าวคือ การสื่อสารระหว่างผู้ปฏิบัติงานระดับเดียวกัน การสื่อสารจากผู้บังคับบัญชาไปผู้ใต้บังคับบัญชา การสื่อสารจากผู้ใต้บังคับบัญชาไปผู้บังคับบัญชา และควรให้ความสำคัญกับการสื่อสารสองทาง (Two Way Communication) เพื่อที่บุคลากรได้แลกเปลี่ยนความคิดเห็นหรือซักถามทำความเข้าใจกันได้อย่างสะดวก
4. ด้านผู้บริหาร ผู้บริหารองค์การควรสนับสนุนให้เกิดการประสานงานอย่างต่อเนื่อง จริงจังสอดคล้องกับแนวคิดของสุรพันธ์ ฉันทแดนสุวรรณ (2553 : 138) ที่กล่าวถึงหลักการสำคัญประการหนึ่งของการประสานงาน คือ การเน้นบทบาทของผู้บริหารในการเป็นหมุดเชื่อมเพื่อสร้างความเข้าใจกันในองค์การ นอกจากนี้ การที่บุคลากรระดับปฏิบัติการจะประสานงานกันหรือไม่นั้น เกิดจากการประสานงานระหว่างบุคลากรระดับบริหาร และการกำหนดนโยบายการบริหารงานในหน่วยงานว่าสนับสนุนให้เกิดการประสานงานในองค์กรหรือไม่เพียงใด เช่น หากผู้บริหารของหน่วยงาน ก. ไม่ถูกกับผู้บริหารของหน่วยงาน ข. ส่งผลให้ผู้ปฏิบัติงานของหน่วยงาน ก. ไม่อยากประสานงานกับผู้ปฏิบัติงานของหน่วยงาน ข. เนื่องจากเกรงว่าผู้บริหารของตนจะไม่พอใจ เป็นต้น
5. ด้านทีมงาน องค์การควรให้ความสำคัญกับการสร้างทีมงานที่มีประสิทธิผล การทำงานในรูปของคณะกรรมการหรือคณะทำงาน ซึ่งเป็นตัวแทนจากฝ่ายต่างๆ การทำงานในรูปแบบดังกล่าวจะทำให้สามารถสร้างความเข้าใจและความร่วมมือให้เกิดขึ้นได้ และผลของการตัดสินใจของทีมงานจะทำให้ทุกฝ่ายยอมรับและเกิดพันธะผูกพันในการปฏิบัติงาน สอดคล้องกับสุรพันธ์ ฉันทแดนสุวรรณ (2553 : 138) ที่กล่าวถึงหลักการประสานงานที่ดีโดยการสนับสนุนส่งเสริมให้เกิดการทำงานเป็นทีมว่า คนทุกคนต้องการมีส่วนร่วมในทีมและต้องการให้เห็นความสำคัญของตนในทีม นอกจากนี้ การประสานงานระหว่างองค์การในรูปของคณะกรรมการหรือคณะทำงานช่วยลดความขัดแย้งเชิงผลประโยชน์ (Conflict of Interest) ระหว่างองค์การลงได้อีกด้วย เช่น คณะกรรมการประสานงานระหว่างองค์การภาครัฐและองค์การเอกชน เป็นต้น