เพื่อให้ผู้บริหารองค์การสามารถควบคุมงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ ผู้บริหารองค์การควรให้ความสำคัญกับหลักการควบคุมดังนี้
1. ต้นทุนที่ยอมรับได้ การควบคุมมีต้นทุนทั้งที่เป็นตัวเงินและไม่ใช่ตัวเงิน เช่น งบประมาณ บุคลากร และเวลา เป็นต้น ดังนั้น ผู้บริหารควรดำเนินการควบคุมโดยคำนึงถึงต้นทุนและผลตอบแทนที่ได้รับว่าคุ้มค่าหรือไม่ อย่างไร และควรเป็นการควบคุมที่ใช้ทรัพยากรน้อยที่สุดหรือประหยัดที่สุด แต่เกิดประโยชน์สูงสุด หรือกล่าวอีกนัยหนึ่งคือต้นทุนของการควบคุมเป็นต้นทุนที่ยอมรับได้
2. ความยึดหยุ่น รูปแบบและกระบวนการควบคุมไม่ควรตายตัวเกินไป ควรเปิดโอกาสให้สามารถปรับเปลี่ยนได้ เนื่องจากสภาพแวดล้อมทั้งภายในและภายนอกองค์การมีการเปลี่ยนแปลงอยู่ตลอดเวลา เช่น มาตรฐานการให้บริการของเจ้าหน้าที่อาจเปลี่ยนแปลงไปเพื่อรองรับนโยบายเข้าสู่ประชาคมอาเซียน เนื่องจากผู้รับบริการขององค์การมีความหลากหลายมากขึ้น เป็นต้น
3. ความเหมาะสม การควบคุมด้านต่างๆต้องมีความเหมาะสม สอดคล้องกับงานที่ควบคุม สถานการณ์ และบริบทอื่นๆขององค์การ เช่น มาตรฐานการควบคุมงานในส่วนราชการควรสอดคล้องกับนโยบายของรัฐและกฎระเบียบที่เกี่ยวข้อง การควบคุมการผลิตควรพิจารณาถึงศักยภาพในการผลิตและการประสานงานกับฝ่ายต่างๆด้วย เป็นต้น
4. การยอมรับของผู้เกี่ยวข้อง การกำหนดมาตรฐานการทำงานในส่วนต่างๆขององค์กร ควรได้รับการยอมรับจากผู้เกี่ยวข้อง เพื่อให้เกิดพันธะผูกพันในการนำมาตรฐานการทำงานดังกล่าวไปปฏิบัติ เช่น ถ้าองค์การกำหนดตารางเวลาการทำงานให้กับบุคลากรในองค์การ บุคลากรในองค์การควรรับทราบและยอมรับมาตรฐานดังกล่าว เพื่อจะได้ปฏิบัติงานได้ตามตารางเวลาที่กำหนดไว้ เป็นต้น ดังจะเห็นได้ว่าในองค์การต่างๆมักจัดทำเอกสารการควบคุมเป็นลายลักษณ์อักษร เช่น คู่มือการปฏิบัติงาน แผนการปฏิบัติงาน มาตรฐานสินค้าและบริการ เป็นต้น
5. การมุ่งเน้นการบรรลุเป้าหมาย ระบบควบคุมที่องค์การสร้างขึ้นมาควรมุ่งเน้นการบรรลุเป้าหมายหรือมาตรฐานการปฏิบัติงานที่องค์การกำหนดไว้ รวมทั้งให้ความสำคัญกับการปรับปรุงแก้ไขข้อผิดพลาด ซึ่งเป็นขั้นตอนหนึ่งในกระบวนการควบคุม เพื่อให้การปฏิบัติงานบรรลุเป้าหมายต่อไป
