ยุคเริ่มต้นของการตรวจสอบภายใน มีรากฐานมาจากการตรวจสอบบัญชีในยุคโบราณ ซึ่งมีหลักฐานการตรวจสอบในสมัยโรมัน (ประมาณ 753 ปีก่อนคริสตกาล – ค.ศ. 476), จีนโบราณ (ประมาณ 2100 ปีก่อนคริสตกาล – ค.ศ. 1912), และอียิปต์โบราณ (ประมาณ 3100 ปีก่อนคริสตกาล – ค.ศ. 30) การตรวจสอบในช่วงนี้มุ่งเน้นไปที่การป้องกันการทุจริตและรับรองความถูกต้องของข้อมูลทางการเงิน ต่อมาการพัฒนาของการตรวจสอบภายในยุคใหม่เกิดขึ้นในช่วงปฏิวัติอุตสาหกรรม (ค.ศ. 1760-1840) ซึ่งการตรวจสอบภายในเริ่มมีความสำคัญมากขึ้น เนื่องจากกิจการธุรกิจขยายตัวอย่างรวดเร็วและซับซ้อนมากขึ้น การตรวจสอบจึงเริ่มมีบทบาทสำคัญในการควบคุมและตรวจสอบการดำเนินงานของกิจการ
ในปี ค.ศ. 1941 มีการก่อตั้ง The Institute of Internal Auditors (IIA) ซึ่งเป็นหน่วยงานที่กำหนดมาตรฐานและกรอบการปฏิบัติงานสำหรับการตรวจสอบภายในครั้งแรก โดยมุ่งเน้นไปที่การทำให้วิชาชีพนี้มีความเป็นมืออาชีพและมีมาตรฐานสากล (The Institute of Internal Auditors, 2020) อีกทั้งเกิดการปรับปรุงการตรวจสอบภายใน ในช่วงคริสต์ทศวรรษที่ 1980 และ 1990 ซึ่งการตรวจสอบภายในมีการขยายขอบเขตการตรวจสอบจากการตรวจสอบทางการเงินไปสู่การบริหารความเสี่ยงและการควบคุมภายใน รวมถึงการตรวจสอบระบบสารสนเทศที่มีบทบาทมากขึ้นตามการพัฒนาเทคโนโลยีสารสนเทศ โดยคริสต์ทศวรรษที่ 2000 เป็นต้นมา การตรวจสอบภายในได้พัฒนาอย่างต่อเนื่องเพื่อตอบสนองต่อความท้าทายที่เกิดขึ้น อาทิ ความเสี่ยงทางไซเบอร์ การบริหารความเสี่ยงในระดับกิจการ และการปรับตัวตามกฎหมาย เป็นต้น
การตรวจสอบภายในของประเทศไทย
การตรวจสอบภายในของประเทศไทยได้พัฒนาอย่างต่อเนื่องทั้งในภาครัฐและเอกชน โดยได้รับอิทธิพลจากมาตรฐานสากลและกฎระเบียบในประเทศ การพัฒนาเหล่านี้สามารถสรุปได้ดังนี้
การตรวจสอบภายในของประเทศไทยเริ่มต้นจากภาครัฐ โดยมีการจัดตั้งสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน (สตง.) ในปี พ.ศ. 2475 (ค.ศ. 1932) ซึ่ง สตง. มีบทบาทสำคัญในการตรวจสอบการใช้จ่ายเงินงบประมาณของรัฐ ทำหน้าที่เป็นหน่วยงานตรวจสอบภายในและภายนอกของรัฐบาลไทย บทบาทของ สตง. ได้ถูกกำหนดในพระราชบัญญัติการตรวจเงินแผ่นดิน พ.ศ. 2542 (ค.ศ. 1999)
ส่วนการตรวจสอบภายในของภาคเอกชนได้รับความสนใจในช่วงปลายคริสต์ทศวรรษ 1990 โดยเฉพาะหลังวิกฤตเศรษฐกิจในปี พ.ศ. 2540 (ค.ศ. 1997) ซึ่งทำให้เกิดความจำเป็นในการปรับปรุงระบบการบริหารความเสี่ยงและการควบคุมภายใน ภายหลังจากวิกฤตนี้การตรวจสอบภายในได้รับการยอมรับว่าเป็นเครื่องมือสำคัญในการเสริมสร้างความโปร่งใสและความเชื่อมั่นให้กับผู้ถือหุ้นและผู้มีส่วนได้เสีย อีกทั้งกฎหมายและระเบียบต่าง ๆ เช่น ระเบียบการรายงานทางการเงินที่กำหนดโดยสำนักงานคณะกรรมการกำกับหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ (ก.ล.ต.) มีบทบาทสำคัญในการกำกับดูแลการปฏิบัติงานตรวจสอบภายในของบริษัทจดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์
ต่อมาในปี พ.ศ. 2542 (ค.ศ. 1999) มีการจัดตั้งสมาคมผู้ตรวจสอบภายในแห่งประเทศไทย (The Institute of Internal Auditors Thailand: IIA Thailand) โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริมมาตรฐานและกำหนดแนวทางการปฏิบัติงานของการตรวจสอบภายในประเทศไทย ซึ่งสมาคมฯ ทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางในการแลกเปลี่ยนความรู้และการพัฒนาวิชาชีพสำหรับผู้ตรวจสอบภายในของประเทศไทย รวมถึงการสนับสนุนการพัฒนามาตรฐานวิชาชีพตามแนวทางสากลของ The Institute of Internal Auditors (IIA)
อย่างไรก็ตามในยุคดิจิทัล การตรวจสอบภายในเผชิญกับความท้าทายใหม่ ๆ อาทิ ความเสี่ยงทางไซเบอร์และการจัดการข้อมูลขนาดใหญ่ (Big Data) ทำให้การตรวจสอบภายในต้องพัฒนาและปรับตัวให้ทันสมัยโดยใช้เทคโนโลยีสารสนเทศและเครื่องมือวิเคราะห์ข้อมูลเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการตรวจสอบ นอกจากนี้การตรวจสอบภายในยังต้องพิจารณาด้านสิ่งแวดล้อมและความยั่งยืนที่เป็นประเด็นสำคัญในปัจจุบัน