ฝ่ายบริหารมีบทบาทโดยตรงในการควบคุมระบบราชการ และมีบทบาทสำคัญในการติดตามและประเมินผลการปฏิบัติราชการของหน่วยราชการและเจ้าหน้าที่ของรัฐ ในกรณีประเทศไทยมีนายกรัฐมนตรีและคณะรัฐมนตรีเป็นหัวหน้าทางการบริหารในการควบคุมระบบราชการในฐานะผู้บังคับบัญชา เพื่อควบคุมผู้ใต้บังคับบัญชา อาทิ ปลัดกระทรวง อธิบดี ผู้อำนวยการกอง หัวหน้างานและผู้ปฏิบัติงาน ให้ปฏิบัติงานตามนโยบายที่ได้รับมอบหมาย โดยสามารถควบคุมการดำเนินงานได้ทั้งก่อนดำเนินงาน ระหว่างดำเนินงาน และหลังการดำเนินงานว่ามีผลผลิต ผลลัพธ์และผลสัมฤทธิ์เป็นไปตามเป้าหมายและคำรับรองในการปฏิบัติราชการหรือไม่ โดยเป็นการควบคุมทั้งในเชิงประสิทธิภาพและความสอดคล้องกับยุทธศาสต์ชาติ นโยบายของรัฐบาลและแผนในการปฏิบัติราชการ สำหรับวิธีการควบคุมตามสายการบังคับบัญชา มีวิธีการต่างๆ อาทิ การตรวจงาน การรเรียกให้รายงานผลงาน การควบคุมการประชุมและสัมมนา การควบคุมผลงาน การควบคุมผ่านงบประมาณ การจัดสรรงบประมาณให้ตามผลงานที่ผ่านมา เป็นต้น นอกจากนี้ยังสามารถควบคุมโดยหน่วยงานของรัฐที่มีบทบาททางด้านควบคุมโดยตรง อาทิ การดูแลการใช้จ่ายเงินงบประมาณให้เป็นไปตามระเบียบของทางราชการ โดยสำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน การควบคุมด้านการคลังในการจัดสรรเงินงบประมาณแผ่นดิน โดยสำนักงบประมาณ การควบคุมการบริหารทรัพยากรบุคคลของส่วนราชการ โดยสำนักงานข้าราชการพลเรือน เป็นต้น
บรรณานุกรม
พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545
พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม (ฉบับที่ 17 )พ.ศ. 2559
พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม (ฉบับที่ 18 )พ.ศ. 2562
พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม (ฉบับที่ 19) พ.ศ. 2562
พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม (ฉบับที่ 20) พ.ศ. 2564
พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 5) พ.ศ. 2545
พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 6) พ.ศ. 2546
พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 7) พ.ศ. 2550
พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 8) พ.ศ. 2553