วงจรการทำงานของซอฟต์แวร์เฉพาะในงานบัญชี แบ่งออกเป็น 3 ระยะ ดังนี้ ระยะ 1 การเริ่มต้นระบบและเตรียมฐานข้อมูล ระยะ 2 การบันทึกรายการและกิจกรรมทางบัญชี และระยะ 3 การปิดบัญชีและการจัดทำรายงานทางการเงิน มีรายละเอียดดังนี้
ระยะ 1 การเริ่มต้นระบบและเตรียมฐานข้อมูล เมื่อกิจการตัดสินใจนำโปรแกรมสำเร็จรูปทางการบัญชีมาใช้ กิจการจะต้องเริ่มจากการเริ่มต้นระบบและการกำหนดค่าต่างๆ เพื่อเตรียมฐานข้อมูลไว้ใช้งาน ในระยะ 1 นี้งานที่ต้องทำประกอบด้วย 5 งาน ได้แก่ การติดตั้งโปรแกรม การเริ่มต้นใช้งาน การกำหนดค่าเริ่มต้นโปรแกรม การกำหนดรหัสตารางข้อมูล และการกำหนดแฟ้มข้อมูลหลัก
ระยะ 2 การบันทึกรายการและกิจกรรมทางบัญชี เมื่อติดตั้งโปรแกรม ตั้งค่าต่างๆ และเตรียมฐานข้อมูลไว้เรียบร้อยแล้ว ขั้นตอนต่อไปคือการบันทึกรายการค้าที่เกิดขึ้นและกิจกรรมทางบัญชีลงในโปรแกรมทางบัญชี ทั้งนี้โปรแกรมแต่ละโปรแกรมจะมีเมนูการเข้าใช้งานที่แตกต่างกัน แต่ก็มีความใกล้เคียงกันค่อนข้างมาก ตัวอย่างกิจกรรมในกิจการซื้อขายสินค้า เช่น กิจกรรมที่เกี่ยวข้องกับการขายสินค้าและรับชำระ มี 5 กิจกรรม โดยเรียงลำดับการเข้าใช้งานตามลำดับก่อนหลัง ดังนี้ 1) บันทึกใบสั่งขาย 2) บันทึกขายสินค้า 3) บันทึกขายเชื่อ 4) บันทึกรับคืนสินค้า (ถ้ามี) และ 5) บันทึกการรับชำระหนี้ / การรับชำระเงิน
ระยะ 3 การปิดบัญชีและการจัดทำรายงานทางการเงิน หลังจากบันทึกรายการค้าที่เกิดขึ้นลงในโปรแกรมทางบัญชีแล้ว กระบวนการการทำบัญชีจะต้องผ่านรายการค้าทั้งหมดที่เกิดขึ้นจากสมุดรายวันเล่มต่างๆ ไปยังสมุดบัญชีแยกประเภท ซึ่งการใช้โปรแกรมทางบัญชีจะมีเมนูให้โปรแกรมทำขั้นตอนดังกล่าวให้อัตโนมัติ ซึ่งช่วยประหยัดเวลาสำหรับนักบัญชีเป็นอย่างมาก ขั้นตอนต่อไปคือการปิดบัญชีและจัดทำรายงานทางการเงินเป็นขั้นตอนสุดท้าย